Установка нанофільтрації працює за тим самим принципом, що і встановлення зворотного осмосу. Різниця у тому, що у разі використовуються мембрани іншого типу. Мембрани нанофільтрації призначені для відділення води та частини мінералів. В результаті згущення виходить концентрат (згущений продукт) і пермеат (вода із вмістом мінералів та солей). Найчастіше згущення на установці нанофільтрації проводять до 18%-20% сухих речовин, зважаючи на максимальну економічну ефективність. Більш того, отриману як NF-пермеат воду можна очистити на установці зворотного осмосу і використовувати на технологічні потреби.
Таким чином, якщо згущувати сироватку за допомогою установки нанофільтрації, відбувається часткова демінералізація концентрату. Тому, у деяких випадках (переробка солоної сироватки) нанофільтрація може бути більш ефективною та економічно доцільною.
Сироватка, перероблена NF, може бути спрямована на подальше виробництва сухого порошку.